Το Μουσείο του Ιονίου Πανεπιστημίου λειτουργεί με προσανατολισμό στις συνεργασίες, τη συμμετοχικότητα και την εξωστρέφεια. Στο πλαίσιο αυτό συνεργάζεται με εκπαιδευτικούς και πολιτιστικούς φορείς, μουσεία, συλλογικότητες και τοπικές επιχειρήσεις. Έχοντας παράλληλα δημιουργήσει ένα δίκτυο συνεργασίας με τις δημιουργικές βιομηχανίες στα Ιόνια Νησιά, το Μουσείο αποτελεί δίαυλο επικοινωνίας και συνέργιας φοιτητών και υποψήφιων διδακτόρων με τους συνεργαζόμενους φορείς, παρέχοντας επιστημονική υποστήριξη σε θέματα τεκμηρίωσης, έρευνας, επιμέλειας εκθέσεων, σχεδιασμού και πραγματοποίησης εκπαιδευτικών προγραμμάτων κ.α.