Η πολιτική της συμμετοχικότητας στην περίπτωση του Πανεπιστημιακού Μουσείου του Ιονίου Πανεπιστημίου αποτελεί βασικό παράγοντα και στον τομέα της έρευνας μέσω της διαμόρφωσης ενός οργανωτικού συστήματος με υπομονάδες. Η οργάνωση των Ομάδων Εργασίας περιλαμβάνει σε πρώτο στάδιο την ανοιχτή πρόσκληση σε διάλογο για να οριστούν οι ερευνητικοί άξονες και σε δεύτερο στάδιο τη λειτουργία τους όχι αυτόνομα αλλά συνδεόμενες μεταξύ τους, αφού όλες μαζί αντανακλούν τους ποικίλους ερευνητικούς στόχους του Μουσείου.
Οι ομάδες που συστάθηκαν εστιάζουν στα εξής θέματα:

• Ιστορία του Σχολείου και της Εκπαίδευσης,
• Ψηφιακός Πολιτισμός/Τέχνες,
• Νέες τάσεις στα μουσεία του 21ου αιώνα,
• Ομάδα Προφορικής Ιστορίας Πανεπιστημιακού Μουσείου,
• Καταγραφή και Προληπτική Συντήρηση Πολιτιστικών Τεκμηρίων.

Στους άμεσους στόχους της δραστηριοποίησης αυτών των ομάδων συγκαταλέγεται η κατάθεση ερευνητικού υλικού που θα είναι αξιοποιήσιμο από το ειδικό και μη κοινό, καθώς και η ολοένα και αυξανόμενη συμμετοχή του κοινού, είτε ατομικά είτε μέσα από συλλογικότητες, στις παραπάνω διαδικασίες. Ειδικά σε ότι αφορά την συνεργασία με τρίτους, αυτό περιλαμβάνει και την παραχώρηση πρωτοβουλίας και φωνής στους τελικούς χρήστες για μια ουσιαστική παρέμβαση εκ μέρους τους.