Ο νέος μουσειακός οργανισμός διαθέτει τρεις Συλλογές, την Συλλογή Τυπογραφίας, την Συλλογή Ιστορίας του Σχολείου και της Εκπαίδευσης και την Συλλογή Ψηφιακού Πολιτισμού και Τεχνών. Στόχος του Μουσείου είναι η υποστήριξη του εκπαιδευτικού έργου των σχολών και των τμημάτων του Ιονίου Πανεπιστημίου σε προπτυχιακό και μεταπτυχιακό επίπεδο, ενισχύοντας την επιστημονική έρευνα και τη μετάδοση της γνώσης τόσο στην πανεπιστημιακή κοινότητα όσο και στο ευρύ κοινό.